鄧世昌于光緒二十年（1894）中日甲午海戰(zhàn)中壯烈殉國后，清廷追封其為“從一品”官，故宗祠正門按一品官員規(guī)格 ，建6級臺階，以清代中晚期南方大祠堂的形式重建。整座建筑以長條花崗石為基礎(chǔ)，高出地面1米后再用水磨青磚砌墻 ，以進(jìn)口坤甸木為柱和梁架，屋頂是灰塑瓦脊、碌筒瓦面。主體建有前后座，用兩廊相連，并在四角各建1座閣樓。另有 東院和后花園、東西門樓、前院和照壁等。正門門額上書“鄧氏宗祠”字樣，兩側(cè)掛有“云臺功首”、“甲午留名”的楹聯(lián)。 后花園有一棵紫荊樹和一棵鳳眼果樹，據(jù)傳鄧世昌當(dāng)年赴威海前所植。花園外東面原有車馬場、清光緒、宣統(tǒng)年間，幕名前來瞻仰均在此下車，再步行前往祠堂拜。 

抗日戰(zhàn)爭時日軍侵占廣州期間，日軍士兵懾于鄧世昌的威望和英氣，不敢破壞鄧氏宗祠。民國38年（1949）秋，鄧氏族人字祠堂內(nèi)創(chuàng)辦“世昌小學(xué)”。后曾改作婦產(chǎn)院。1957年開始，鄧氏宗祠為廣州市結(jié)核病防治二所使用。“文化大革命”期間，祠內(nèi)不少文物散失，附屬建筑物受到不同程度破壞，部分附屬用地亦被違章占用。1989年12月，鄧氏宗祠被定為市級文物保護(hù)單位，1994年8月，在鄧氏宗祠建立鄧世昌紀(jì)念館。現(xiàn)在整座建筑恢復(fù)了清代式樣，祠堂的木雕亦精心復(fù)原 ，并涂上油漆，重現(xiàn)了鄧氏宗祠的原貌。展品陳列線長80米，通過近600張圖片和復(fù)印件、雕塑、模型、文字說明等，反 映鄧世昌青少年時代、甲午海戰(zhàn)及其戰(zhàn)后影響，使之成為愛國主義教育的場所。